# QQsci

QQsci 是一个面向科研论文项目的 Codex 工作流总控 skill。它不是单一写作工具，而是负责调度论文项目中的文献、写作、图表、投稿包检查、引用批注和返修相关流程。

当前重点面向材料科学论文，尤其适合处理：

- `Manuscript.docx` 主稿
- `Supplementary Information.docx` 补充信息
- `Figures.pptx` 主图
- `Supplementary Information.pptx` 补充图
- `Highlights.docx`
- `CoverLetter.docx`
- `TOC.pptx`
- Zotero 文献和 QQnote 生成的 AI 文献笔记
- AFM 等材料期刊的投稿模板和整包质控

## 核心定位

QQsci 的定位是：

```text
科研论文工作流总调度器
```

它负责判断当前任务应该交给哪个模块，如何传递输入输出，以及最后如何把所有结果合并为一个可投稿的论文包。

## 当前已经具备的能力

- 从主题、初稿、图注、SI 或 cover material 中提取关键词
- 根据文献笔记筛选强相关和弱相关论文
- 使用强相关论文对比检查创新性、机制证据、控制实验和 benchmark
- 检查主稿、SI、Figures、Highlights、Cover Letter、TOC 的整包一致性
- 检查图表逻辑、图注、单位、样品名、术语、拼写和格式问题
- 生成 Markdown 版 reviewer report
- 在 Word 主稿中添加原生批注，批注内容只包含 DOI，一行一个 DOI
- 管理 DeepSeek、Zotero、Obsidian、QQnote 和模板路径配置
- 保存 AFM Word 文章模板资产

QQsci 不直接插入 Zotero Word citation field。对于 Word 主稿，QQsci 只用 Word 原生批注标出 DOI，正式插入引用仍建议使用 Zotero Word 插件。

## QQnote 的角色

QQnote 是 QQsci 的文献输入工具。

QQnote 负责：

- 从 Zotero 条目生成 AI 文献笔记
- 将结果写入 Zotero child note
- 将选中文献总结成 Markdown 对比表
- 审计哪些 Zotero 条目缺少 AI 笔记

QQnote 不负责判断哪篇文献强相关、哪篇文献必须引用、文章创新性是否足够或投稿包是否达标。这些判断都由 QQsci 完成。

当 QQsci 调用 QQnote 时，推荐使用：

```powershell
py "$env:USERPROFILE\.codex\skills\qqsci\scripts\run_qqnote_with_qqsci_config.py" --script summarize_zotero_table -- --vault "C:\Users\qyh15\Documents\Obsidian Vault" --item-keys "SXAIQUJT X7GJZ627"
```

这个 wrapper 会读取 QQsci 的本地配置，并把 DeepSeek/Zotero 配置注入为 QQnote 需要的环境变量。

## 配置方式

公开模板：

```text
config/config.template.json
```

真实本地配置：

```text
config/config.local.json
```

不要提交 `config/config.local.json`，不要在聊天、README、日志或终端输出中泄露 API key。

QQsci 会把自己的配置映射到 QQnote 所需环境变量：

| QQsci 配置 | QQnote 环境变量 |
|---|---|
| `deepseek.api_key` | `AWESOMEGPT_API_KEY` |
| `deepseek.base_url` | `AWESOMEGPT_BASE_URL` |
| `deepseek.model` | `AWESOMEGPT_MODEL` |
| `zotero.web_api_key` | `ZOTERO_API_KEY` |
| `zotero.user_id` | `ZOTERO_USER_ID` |

QQnote 单独运行时仍然可以使用自己的环境变量、vault `.env` 或 AwesomeGPT/Zotero preferences。

## 投稿整包检查顺序

对于完整投稿包，QQsci 默认按以下顺序检查：

1. `Manuscript.docx`
2. `Figures.pptx`
3. `Supplementary Information.docx`
4. `Supplementary Information.pptx`
5. `Highlights.docx`
6. `CoverLetter.docx`
7. `TOC.pptx`

主稿和主图决定故事线，SI、Highlights、Cover Letter 和 TOC 必须与它们保持一致。

## 写作模板

当前内置 AFM Word 模板：

```text
assets/templates/afm/article-template.docx
```

模板作为 asset 保存，不应直接原地修改。使用时应复制到具体论文输出路径。

未来 QQwrite 可以复用这些模板，用于长文写作、模板化初稿和 Word 格式整理。

## 未来模块规划

QQsci 会逐步发展成调度多个专业 skill 的工作流中心：

| 模块 | 规划职责 |
|---|---|
| QQnote | 文献笔记、Zotero child notes、文献对比表 |
| QQwrite | 正文写作、章节重写、Word 模板化成稿 |
| QQfigure | 材料图表、机制图、TOC、图像质控 |
| QQppt | 组会、论文汇报、投稿展示 PPT |
| academic-humanizer | 学术语言去 AI 味、自然化和风格统一 |

在这些模块成熟之前，QQsci 内置的质控模块继续承担论文审稿、证据链检查和整包一致性检查。

## 安装位置

Codex 识别路径：

```text
C:\Users\qyh15\.codex\skills\qqsci
```

源仓库：

[QQsci-skill](https://git.qyhhh.top/Skills/QQsci-skill)

## 依赖和协作 skill

QQsci 当前或未来会依赖/协作以下 skill：

- [QQnote-skill](https://git.qyhhh.top/Skills/QQnote-skill)：Zotero + DeepSeek 文献笔记和文献对比表输入
- `nature-citation`：高质量 DOI 候选和 claim-reference 支撑
- `nature-data`：Data availability、source data、FAIR 和数据仓库检查
- `nature-response`：审稿意见回复和返修信
- `nature-figure`：投稿级科学图表生成和质量检查
- `nature-paper2ppt`：论文到汇报 PPT
- `nature-writing` / `nature-polishing`：Nature 风格写作结构和语言策略参考
- `QQwrite`：未来用于长文写作和 Word 模板化成稿
- `QQfigure`：未来用于材料图表、TOC 和机制图工作流
- `QQppt`：未来用于组会、论文汇报和投稿展示
- `academic-humanizer`：未来用于学术文本去 AI 味和风格自然化