QQsci

Source map 证据来源地图

QQsci 现在加入 source map 规则，用来记录论文写作中每个 claim、参数、性能表数值、引用建议或 Word 批注建议的原始来源。

它解决的问题是：不能只说“这篇文献相关”，而要说明“这篇文献支撑哪句话、哪个参数、来自正文还是 SI、来自图读数还是表格直接报道、是否需要换算、是否只是背景综述”。

典型字段包括：

字段	含义
ID	稳定编号，例如 SM001
Target	对应的句子、段落、图表行或 Word 批注位置
Claim/value	被支撑的 claim 或参数
Source	DOI、Zotero key、题名或文件
Location	页码、章节、Fig.、Table、Scheme、SI Figure/Table
Evidence type	正文直接报道、表格值、图读数、SI 值、计算值、综述背景
Support	strong、partial、background、limiting、contradictory、metadata_only
Caveat	近似读数、单位换算、缺原文、重复引用风险等

使用场景：

• 写作时追踪 claim-evidence。
• 做性能对比表时记录参数出处。
• 查原文时保留 Fig./Table/SI 坐标。
• 给 Word 加 DOI-only 批注时，把解释放在 Markdown source map 里。
• 把候选文献交给 qqcites 排序前，先说明每篇文献支撑什么。

详细模板见 references/source-map.md。

QQsci 是面向科研论文项目的 Codex 工作流总控 skill。它不是单一写作工具，而是负责调度论文项目中的文献、写作、图表、投稿包检查、引用批注和返修相关流程。

当前重点面向材料科学论文，尤其适合处理：

• Manuscript.docx 主稿
• Supplementary Information.docx 补充信息
• Figures.pptx 主图
• Supplementary Information.pptx 补充图
• Highlights.docx
• CoverLetter.docx
• TOC.pptx
• Zotero 文献和 QQnote 生成的 AI 文献笔记
• AFM 等材料期刊的投稿要求和整包质控

核心定位

科研论文工作流总调度器

QQsci 负责判断当前任务应该交给哪个模块，如何传递输入输出，以及最后如何把所有结果合并为一个可投稿的论文包。

当前已经具备的能力

• 从主题、初稿、图注、SI 或 cover material 中提取关键词
• 根据文献笔记筛选强相关和弱相关论文
• 使用强相关论文对比检查创新性、机制证据、控制实验和 benchmark
• 检查主稿、SI、Figures、Highlights、Cover Letter、TOC 的整包一致性
• 检查图表逻辑、图注、单位、样品名、术语、拼写和格式问题
• 生成 Markdown 版 reviewer report
• 在 Word 主稿中添加原生批注，批注内容只包含 DOI，一行一个 DOI
• 管理 DeepSeek、Zotero、Obsidian 和 QQnote 的配置继承
• 将 Word 模板化排版任务转交给 QQwrite

QQsci 不直接插入 Zotero Word citation field。对于 Word 主稿，QQsci 只用 Word 原生批注标出 DOI；正式插入引用仍建议使用 Zotero Word 插件。

QQnote 的角色

QQnote 是 QQsci 的文献输入工具。

QQnote 负责：

• 从 Zotero 条目生成 AI 文献笔记
• 将结果写入 Zotero child note
• 将选中文献总结成 Markdown 对比表
• 审计哪些 Zotero 条目缺少 AI 笔记

QQnote 不负责判断哪篇文献强相关、哪篇文献必须引用、文章创新性是否足够或投稿包是否达标。这些判断都由 QQsci 完成。

当 QQsci 调用 QQnote 时，推荐使用：

py "$env:USERPROFILE\.codex\skills\qqsci\scripts\run_qqnote_with_qqsci_config.py" --script summarize_zotero_table -- --vault "C:\Users\qyh15\Documents\Obsidian Vault" --item-keys "SXAIQUJT X7GJZ627"

这个 wrapper 会读取 QQsci 的本地配置，并把 DeepSeek/Zotero 配置注入为 QQnote 需要的环境变量。

配置方式

公开模板：

config/config.template.json

真实本地配置：

config/config.local.json

不要提交 config/config.local.json，不要在聊天、README、日志或终端输出中泄露 API key。

QQsci 会把自己的配置映射到 QQnote 所需环境变量：

QQsci 配置	QQnote 环境变量
deepseek.api_key	AWESOMEGPT_API_KEY
deepseek.base_url	AWESOMEGPT_BASE_URL
deepseek.model	AWESOMEGPT_MODEL
zotero.web_api_key	ZOTERO_API_KEY
zotero.user_id	ZOTERO_USER_ID

QQnote 单独运行时仍然可以使用自己的环境变量、vault .env 或 AwesomeGPT/Zotero preferences。

投稿整包检查顺序

对于完整投稿包，QQsci 默认按以下顺序检查：

1. Manuscript.docx
2. Figures.pptx
3. Supplementary Information.docx
4. Supplementary Information.pptx
5. Highlights.docx
6. CoverLetter.docx
7. TOC.pptx

主稿和主图决定故事线，SI、Highlights、Cover Letter 和 TOC 必须与它们保持一致。

写作模板

QQsci 不再保存 Word 模板资产。Word 模板库和模板化 .docx 调整由 QQwrite 负责。

当前 AFM Word 模板位于：

QQwrite/assets/templates/afm/article-template.docx

推荐流程：

1. QQsci 先完成证据链、文献定位、目标期刊定位和投稿包风险检查。
2. QQwrite 使用选定 Word 模板调整主稿格式和结构。
3. QQsci 再对调整后的整包做一致性复查。

未来模块规划

QQsci 会逐步发展成调度多个专一 skill 的工作流中心：

模块	规划职责
QQnote	文献笔记、Zotero child notes、文献对比表
QQwrite	正文写作、章节重写、Word 模板化成稿
QQfigure	材料图表、机制图、TOC、图像质控
QQppt	组会、论文汇报、投稿展示 PPT
academic-humanizer	学术语言去 AI 味、自然化和风格统一

在这些模块成熟之前，QQsci 内置的质控模块继续承担论文审稿、证据链检查和整包一致性检查。

安装位置

Codex 识别路径：

C:\Users\qyh15\.codex\skills\qqsci

源仓库：

QQsci-skill

依赖和协作 skill

QQsci 当前或未来会依赖/协作以下 skill：

• QQnote-skill：Zotero + DeepSeek 文献笔记和文献对比表输入
• QQwrite-skill：Word 模板库和模板化 .docx 调整
• nature-citation：高质量 DOI 候选和 claim-reference 支撑
• nature-data：Data availability、source data、FAIR 和数据仓库检查
• nature-response：审稿意见回复和返修信
• nature-figure：投稿级科学图表生成和质量检查
• nature-paper2ppt：论文到汇报 PPT
• nature-writing / nature-polishing：Nature 风格写作结构和语言策略参考
• QQfigure：未来用于材料图表、TOC 和机制图工作流
• QQppt：未来用于组会、论文汇报和投稿展示
• academic-humanizer：未来用于学术文本去 AI 味和风格自然化